日本に入国を希望する外国人又はその代理人(日本国内居住)は、最寄りの地方出入国在留管理官署（旧地方入国管理局）へ申請書類を提出し、事前に在留資格認定証明書交付の許可を受ける必要があります。（短期滞在を目的とする者を除きます。）
上記申請により、許可を受けた外国人に対し「在留資格認定証明書」が交付されます。
ビザ(査証)発給申請の際、あるいは日本の空港等における入国審査の際に、「在留資格認定証明書」を提出することで、手続がスムーズになります。

各在留資格に活動の範囲が規定されています。
その規定に遵守して在留しなければなりません。
例えば、「留学」の在留資格を有する者は就労することができませんので、アルバイトする場合は別途申請し、資格外活動許可を得る必要があります。
不法に在留する者は、退去強制（強制送還）等の処置がとられます。

各在留資格（永住者を除く）には、一度の許可で在留できる期間が定められているため一定期間毎に更新手続きを行う必要があります。
この在留期間は日本国内で更新・変更が可能なので、引き続き日本への在留を希望する場合は早めに専門家である行政書士等に相談するなどの対応が必要です。

外国人本人が希望し、要件に適合する場合は帰化・永住者申請を行うこともできます。
永住を取得すると、在留期間の定めのない在留資格をもって日本に在留することができます。
（在留カードの更新が必要です。）
帰化は、日本国籍を取得し、日本国民として暮らし、入管関係法令に拘束されないようになります。
これら両制度の申請には、要件として日本での長期滞在歴が求められます。
別の在留資格で在留していた者が日本での生活を安定させるために取得する場合が大半となります。